Windows下安装FreeSurfer教程

简介

FreeSurfer 是一个开源软件包，用于分析和可视化横断面和纵向研究的结构、功能和扩散神经成像数据。它由Athinoula A. Martinos 生物医学成像中心的计算神经成像实验室开发。
官网

功能

FreeSurfer 为结构 MRI 数据提供完整的处理流，包括：

• 颅骨剥离、B1 偏置场校正和灰白质分割
• 皮质表面模型的重建（灰白色边界面和软脑膜表面）
• 标记皮质表面的区域以及皮质下大脑结构
• 具有立体定向图谱的个体皮质表面的非线性配准
• 组形态测量差异的统计分析

先决条件

FreeSurfer当前只支持Linux和MacOS系统，在Windows下使用可以使用虚拟机或者WSL安装Linux操作系统，使用WSL可以参考我写的这篇博客WSL–无需安装虚拟机和docker可以直接在Windows操作系统上使用Linux操作系统

安装

1. 使用MobaXterm连接已经安装好的Linux操作系统
   

2. cd到HOME目录

3. wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.4.1/freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb下载安装包
   

注意：也可以直接去官网下载Download

4. sudo apt-get update -y更新系统的软件包索引

5. sudo apt-get -y install ./freesurfer_ubuntu22-7.4.1_amd64.deb执行安装

6. 设置环境变量

   export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1
   echo "export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer/7.4.1" >> $HOME/.bashrc
   

7. ls $FREESURFER_HOME检查安装路径
   

8. 申请license

• 填写相应信息进行注册

注意：不可以使用qq邮箱，可能会收不到邮件，申请时license数量可以多填几个。

• 注册成功后会收到一封邮件，附件就是license文件
  

注意：如果收件箱看不到邮件，可以去垃圾箱看下。

9. 将下载好的license文件上传到Linux
   

10. 设置环境变量

 echo "export FS_LICENSE=$HOME/license.txt" >> $HOME/.bashrc
 echo "export XDG_RUNTIME_DIR=$HOME/.xdg" >> $HOME/.bashrc
 echo "export DISPLAY=:0" >> $HOME/.bashrc
 echo "source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh" >> $HOME/.bashrc

11. 退出Linux重新登陆后显示如下信息代表安装成功
    

注意：多出这一行信息也是OK的INFO: /home/developer/matlab/startup.m does not exist ... creating

12. 输入freeview打开UI界面