一、查看 R 包的可用版本
方法 1：通过 CRAN Archive 查看历史版本
你可以通过以下网址格式查看某个 R 包在 CRAN 上的所有历史版本：
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/<包名>/
例如查看 Seurat 包的历史版本：
https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/
页面会列出所有旧版本源码包（.tar.gz）。
方法 2：R 中查看可用版本（有限）
虽然不能列出全部历史版本，但可以检查当前已安装包是否为旧版本：
old.packages()
二、安装指定版本的 R 包
方法 1：使用 remotes::install_version() 安装 CRAN 上的历史版本
推荐使用 remotes 包来安装指定版本：
- 安装
remotes包（若尚未安装）：
install.packages("remotes")
- 安装指定版本，例如安装 Seurat 的 4.3.0 版本：
remotes::install_version("Seurat", version = "4.3.0")
方法 2：手动下载 .tar.gz 并安装
- 前往 CRAN Archive 下载所需版本源码压缩包。
- 使用以下命令安装：
install.packages("/path/to/Seurat_4.3.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
方法 3：从 GitHub 安装指定版本或历史 commit
适用于 GitHub 上开发的 R 包：
- 按标签版本号安装：
remotes::install_github("satijalab/seurat@v4.3.0")
- 或根据 commit hash 安装：
remotes::install_github("satijalab/seurat@commit_hash")
三、其他实用方式
使用 checkpoint 包还原某个日期的包快照
install.packages("checkpoint")
library(checkpoint)
checkpoint("2023-08-01") # 加载 2023 年 8 月 1 日的包环境快照
四、补充建议
- 使用 renv 或 packrat：推荐使用这类依赖管理工具自动记录并还原项目使用的包版本。
- 安装 Bioconductor 包的指定版本：
BiocManager::install("包名", version = "3.17")