我们有一下文本：dssp1a45.dssp
要求提取出文本中氨基酸序列的名称和结构，并是他们整行相互对应，其中结构序列中的空格 用'_'代替。
输出格式为两行信息：GKITFYEDRGFQGRHYECSSDHSNLQPYFSRCNSIRVDSGCWMLYEQPNFQGPQYF...
_EEEEEEETTTEEEEEEE_S_BS__TTT_S__SEEEEEESEEEEESSGGG...
拿到文本文件.dssp(类似于.txt)
我们发现我们的目的信息在文本文件中的红色区域的蓝色框中，其余信息全部都是不需要的，我们要把其余区域清除掉，提取出这两列信息，并且对应输出，这便是思路！
第一步：
file = open('dssp1a45.dssp','r') #以读取方式打开文件 str = ''.join(file.readlines()[28:]) # 删除检索内容以外的首部 file2 = open('new.txt','w') #将删除后的文件写入new.txt file2.write(str) f = open("new.txt",'r')我们这时候把红色区域上面的多余部分就排除掉了。
其中file.readlines()[28:]表示读取文件28行以下的内容 即为红色区域。
str=''.join() 表示把括号内的列表强制转换成字符串str，并且元素间不加任何分隔符。
之后再创建一个file2:new.txt。
将str写入new.txt.并用接收可读来打开他
第二步：
我们得到的new.txt文件如下，自动保存在我们的相同目录内。
一会儿用完再删除，卸磨杀驴！
所以接下来我们提取这里面的三/四两列信息出来就欧克了
注意这个是字符串文本，表面上看是3/4两列，其实不是，中间有空格，好好数数应该是第14列和第17列，迭代提取出来！
a = f.readlines() #对文本f进行列表迭代 acid = 13 stucture = 16 #找到氨基酸和结构所在列数 aa ="" #预定义两个空字符串空间来存放氨基酸序列和结构序列 stc="" i = 0 for line in a: #迭代每个行列表，并提取氨基酸和结构所对应的列元素 aa += a[i][acid] stc += a[i][stucture] for b in stc: # 迭代结构序列 new_name = stc.replace(" ", '_') # 将结构序列中的空格改成下划线 i+=1 final = aa+ '\n' +new_name #计算结果 print(final) #打印结果注释非常明确。
值得注意的是，其实在python中处理字符串就相当于是在C中对数组进行处理，这里面类似二维数组的一个处理方式我们的a[i]表示的是每一整行。
a[i][j]表示的是第i行第j个元素，通过数元素我们发现氨基酸和对应结构的j的值是14和17，
对应的j应该是13和16，
所以我们迭代出每行的氨基酸和对应结构就很容易了。
然后我们把读取到的氨基酸和结构序列分别存放到一个空的字符串aa和stc里面。
修改空格成为'_' ：我们引入了第二个for循环，目的是把stc里面读到的空格修改，所以对stc进行迭代，用replace函数进行修改以后，将新的修改好的字符串存入new_name字符串中，所以我们最后的修改好的结构序列和氨基酸序列进行final的运算（如代码框内所示），就可以得到如下结果了：
第三步：
收尾工作要做好
file3=open('dssp1a45.ss','w') file3.write(final) #将最后的结果写入file3并保存为dssp1a45.ss file3.close() #注意关闭使用过的所有文件！ f.close() file2.close() file.close() #import os 调用os # os.remove('new.txt') #所有文件关闭后，删除辅助操作用的文件我们可以把我们得到的结果这样写入一个文件中，最后关闭掉我们中途使用过的文件，并且把过度文件new.txt删除，我们的目录就会非常干净了！
